Świątynia od przeszło stu lat wpisuje się w krajobraz siedleckiej dzielnicy. Idea budowy kościoła dla tutejszej ludności katolickiej nabrała kształtów w 1892 roku, gdy zawiązano komitet budowy świątyni. Prace rozpoczęto jednak dopiero w 1904 roku, dwa lata później neogotycki kościół został uroczyście konsekrowany.
Budowa kościoła św. Franciszka z Asyżu trwała do 1907 roku
Świątynię wzniesiono według projektu Augusta Menkena – wybitnego architekta o historyzujących zainteresowaniach. Powstał trzynawowy obiekt z transeptem i wieżą. Wkrótce po zakończeniu budowy (1907) erygowano katolicką parafię obejmującą Emaus i Siedlce.
W 1942 do świątyni dotarły fale wojennej zawieruchy, ściągnięte z wieży dwa dzwony zostały przeznaczone do przetopienia. Najgorsze miało dopiero nadejść, wiosną 1945 r. kościół został bardzo poważnie zniszczony. Runęły dachy, sklepienia, strzeliste zwieńczenie wieży, przepadły organy, witraże i trzy ołtarze. W kościoły z wysokimi wieżami chętnie celowali sowieccy artylerzyści, stąd taka skala zniszczeń.
W ciągu kilku powojennych lat świątynię częściowo odbudowano, kolejny etap prac remontowych przeprowadzono w latach 60-tych i 70-tych ubiegłego stulecia. Powstał wtedy metaloplastyczny wystrój świątyni wykonany według pomysłu Elżbiety Szczodrowskiej i Roberta Peplińskiego. Warto wspomniane detale dokładniej obejrzeć, bo ten artystyczny duet zaprojektował też wybitną aranżację wystroju kościoła św. Brygidy.
W 1984 roku kościół został wpisany na listę zabytków. Wewnątrz kaplice: św. Franciszka z Asyżu (patrona świątyni) oraz Matki Bożej Nieustającej Pomocy. Poświęcenie tej drugiej odbyło się w dniu 3 V 1982 podczas trudnych dni stanu wojennego.
Pod chórem organowym zobaczyć można przedwojenny obraz przedstawiający Chrystusa wędrującego z uczniami do Emaus. Tematyka malowidła nieprzypadkowa, bo w okolicy świątyni funkcjonowała kiedyś karczma Emaus, tak też określano położoną w pobliżu osadę.
Wewnątrz również kopia krzyża z Bazyliki św. Franciszka z Asyżu.
W grudniu 2015 r. na kościelnej wieży zamontowano zrekonstruowane tarcze zegarowe.
Kościół św. Franciszka z Asyżu w Gdańsku;
ul. Kartuska 186, 80-138 Gdańsk
