Pod koniec XIV wieku na wschód od ówczesnego Gdańska powstał szpital dla zakaźnie chorych. Dla zmniejszenia ryzyka epidemii takie przybytki lokowano poza obszarem miejskiej zabudowy. Przy szpitalu wzniesiono skromną kaplicę św. Barbary, tak przedstawiają się początki dziejów tej charakterystycznej świątyni. W 1436 roku przeprowadzono rozbudowę kaplicy, dwadzieścia lat później (1456) sakralny obiekt zyskał rangę kościoła parafialnego.
Pastor-konstruktor z kościoła św. Barbary
Kościół kilkukrotnie (1499, 1537, 1545) niszczyły pożary, pierwszy z nich to „zasługa” Grzegorza Materny – lokalnego bandziora o wyjątkowym rozmachu działania. W 1557 roku świątynię przejęli luteranie. Tutejszy pastor Alexander Glaser upamiętnił się w gdańskiej przestrzeni wykonaniem efektownego zegara słonecznego – zawieszony pod południowo-wschodnią wieżyczką ratusza głównomiejskiego uchodzi za jeden z najładniejszych zegarów słonecznych w Polsce!
W latach 1619-1620 wykonano renesansowy hełm wieży, od tej pory świątynia stanowi dominujący akcent w panoramie Długich Ogrodów. W latach 1726-1728 przeprowadzono rozbudowę kościoła, sakralna przestrzeń powiększyła się o nawę dobudowaną od strony południowej.
Kościół został poważnie zniszczony pod koniec II wojny światowej, przepadły m.in. cenne organy z XVIII wieku – dzieło z pracowni słynnego Andreasa Hildebrandta. Do odbudowy przystąpiono w w 1956 roku, w ciągu kolejnych kilkunastu lat zniszczenia usunięto. Nie przetrwała nawa południowa rozebrana na polecenie ówczesnych władz w 1969 roku. Decyzję o rozbiórce uzasadniono potrzebą usprawnienia pieszej komunikacji, więcej w tym było urzędniczej złośliwości niż faktycznej potrzeby.
Betonowe witraże
Po rozbiórce nawy pojawiła się kwestia zabudowy potężnych prześwitów międzykolumnowych. Problem rozwiązano instalacją potężnych witraży. Wykonane z hutniczego szkła i osadzone w betonie stanowią bardzo udany przykład współczesnej sztuki sakralnej. Kompozycja powstała według koncepcji Barbary Massalskiej.
Wewnątrz świątyni zachowało się kilka starych płyt nagrobnych. Warto też zwrócić uwagę na siedem zabytkowych rzeźb, które zostały przekazane przez gdańskie Muzeum Narodowe.
