Nietypowy pomnik zbudowano w latach 2005-2006 dla upamiętnienia cmentarzy gdańskich, bezceremonialnie zlikwidowanych w powojennym okresie. Lapidarium jest zlokalizowane na terenie Parku Akademickiego, gdzie funkcjonował kiedyś cmentarz św. Mikołaja i Kaplicy Królewskiej.
W pomnikowej przestrzeni zobaczyć można klomb z ustylizowanym głazem. Na kamieniu umieszczono pierwszą odnotowaną nazwę Gdańska (napis „GYDDANYZC” AD 997), dookoła granitowe murki z głazami, osiem zabytkowych tablic nagrobnych i wiele mniejszych elementów nagrobkowych. Pomnik przypomina o bogatej i wielowątkowej historii Gdańska, zredukowanej po wojnie do mało ciekawej, oficjalnej narracji.
Lapidarium jest też powtórzeniem koncepcji i przekazu zawartych w Cmentarzu Nieistniejących Cmentarzy.
