Świątynia przez kilka stuleci pełniła funkcję kościoła szpitalnego, przytułek dla chorych i ubogich działał w pobliżu już w XIV wieku. Do obiektu dobudowano kaplicę św. Elżbiety Węgierskiej, patronka była szczególnie poważana przez Krzyżaków, którzy zresztą powstanie tego szpitalnego kompleksu z wielkim zaangażowaniem popierali.
Zamurowane wejście główne w kościele św. Elżbiety
W 1417 roku zakończono budowę większego kościoła, jego średniowieczna bryła przetrwała do czasów obecnych.
W połowie XVI stulecia zamurowano wejście główne, przyczyną budowa zachodniego ciągu nowożytnych fortyfikacji. Świątynię przez prezbiterium połączono z obiektem szpitalnym, co ułatwiło chorym udział w nabożeństwach.
Po wielkim pożarze z 1547 roku szpital odbudowano dzięki wsparciu Hansa Connerta, który jako bogaty kupiec nie był obojętny wobec potrzeb słabszych i biedniejszych od siebie. Przytułek działał aż do połowy XIX wieku, budynki został wtedy przejęte przez władze wojskowe i dostosowane do funkcji sądowniczych.
W połowie XVI stulecia (1557) kościół św. Elżbiety objęli protestanci, od 1622 roku przybytkiem opiekowali się gdańscy kalwini, a od 1844 roku świątynia funkcjonowała jako kościół garnizonowy.
Pod koniec XIX wieku zniwelowano zachodni ciąg fortyfikacji i przywrócono funkcjonalność dawnego wejścia głównego. W okresie międzywojennym opiekę nad gotycką świątynią sprawowało Towarzystwo Misyjne, czyli Freistadtverein für Innere Mission.
Epitafium węgierskiego wygnańca w kościele św. Elżbiety
Działania wojenne z wiosny 1945 roku przyniosły poważne zniszczenie świątyni, w podpalonym przez czerwonoarmistów kościele przepadło sakralne wyposażenie, spłonął dach i charakterystyczne cebulaste zwieńczenie wieży.
Niedługo potem wypaloną świątynię objęli zakonnicy ze Stowarzyszenia Apostolstwa Katolickiego, znani szerzej jako pallotyni. W ciągu kilkunastu powojennych lat usunięto zniszczenia, w nieco inny sposób odbudowano wieżyczkę, zatem charakterystyczny cebulasty szczyt zniknął z panoramy Starego Miasta.
Kościół św. Elżbiety to stosunkowo mało znana gdańska świątynia, tymczasem w jej dzieje wpisują się ciekawe rozdziały lokalnej historii, to na przykład temat miejskiego szpitalnictwa czy też pallotyńskiej obecności w nadmotławskim mieście. Szersze nawiązanie zawiera się w epitafium Adama Vay de Vaja, który jako uczestnik antyhabsburskiego powstania na Węgrzech osiadł w Gdańsku i tu u boku księcia Franciszka Rakoczego na próżno wypatrywał europejskiego poparcia dla madziarskiej sprawy…
Zobacz też – Sercowe upominki na Walentynki – Pomysły kreatywne, uczuciowe i drobne
Wewnątrz jednonawowej świątyni relikwie ważnych dla chrześcijaństwa postaci: św. Wincentego Pallottiego, św. Faustyny Kowalskiej i bł. ks. Józefa Stanka. Warto zwrócić uwagę na witraż ze sceną z życia św. Elżbiety Węgierskiej. Do wnętrza świątyni prowadzą bramy od strony zachodniej i południowej, w każdej misternie odlane wrota z przedstawieniem kluczowych scen z historii Polski i chrześcijańskiej religii.
